هناك العديد من الاستخدامات ، مثل علاج الجذور وخاصة عند كبار السن ، لأن قنوات تعبئة العصب ضيقة جدًا أو مغلقة ، وهو ما لا يمكن رؤيته بالعين المجردة ، ولكن من خلال المجهر الطبي ، يمكن فتح هذه القنوات ، وكذلك في حالة إصابة المريض بثقب في السن نتيجة تسوس أو خطأ طبي سابق يحتاج الطبيب إلى مجهر لإغلاق الضرس.

كما يمكن استخدام المجهر للأطفال من سن 8 سنوات إلى 13 سنة ، حيث قد يتعرضون لبعض الضربات التي تؤثر على مكان الأسنان ، ومن خلال المجهر الطبي يمكن التعرف على هذا العيب وعلاجه بسهولة.